Iglesia de San Juan

Caminando por la Calle Real, cercana a la puerta occidental, se encuentra la iglesia de San Juan, uno de los modelos de planta de salón más interesantes de la provincia.
De su origen, en siglos XIII y XIV, se conserva el ábside poligonal, la torre y el claustro. Pero a finales del XV y principios del XVI se llevó a cabo una reedificación de las naves adoptando el tipo de iglesia salón, con  tres naves a la misma altura y con finos pilares fasciculados que soportan bóvedas de crucería, sin que exista capitel algún que las separe.
La cara exterior de la iglesia ofrece una imagen sobria, reforzada por la fábrica de sillar. Conserva restos de su primitiva edificación románica en los dos primeros cuerpos de la torre, mientras que los tres restantes son de estilo ojival y están rematados por cuatro agujas piramidales. El templo cuenta con dos puertas de entrada en las cuales no existe decoración especial, salvo un espacio adintelado con dovelas superpuestas.
En el interior, la capilla de Santa Ana, fundación de los Castro-Mújica, destaca por el retablo plateresco con relieves de la vida de la Virgen, obra de Juan de Villarreal, de mediados del siglo XVI.
Aquí se localizan también los enterramientos de los familiares de los fundadores, entre ellos el de Don Diego de Mújica, canónigo de la Colegiata.
En la nave derecha se halla la capilla del Dulce Nombre de Jesús, fundación de los López Gallo, en la que podemos observar el políptico de doce tablas que Ambrosius Benson pintó para lamisma hacia 1530. Las seis tablas inferiores muestran escenas de interior, y las seis superiores, de paisajes exteriores, a excepción de las armas de los Gallo. Asimismo, aquí se localiza la pila bautismal, realizada por algún escultor del entorno de Diego de Siloe, pieza muy representativa del renacimiento burgalés.
El claustro es de estilo gótico del siglo XIV y posee algunas reminiscencias románicas en sus columnas pareadas, sencillos capiteles y arcos apuntados. El artesonado mudéjar con escudos de armas y bustos de caballeros se colocó en el siglo XV.